Условие о раздельном учете затрат при казначейском сопровождении средств включается в проект контракта. Это касается не только гособоронзаказа, требование распространяется на исполнение госконтрактов, договоров, соглашений о предоставлении госсубсидий, расчеты по которым контролируются казначейством. Механизм используется для контроля целевого расходования бюджетных средств и позволяет отследить принадлежность затрат к конкретному договору и подтвердить их обоснованность.
Раздельный учет доходов, расходов, активов и обязательств ведется по каждому контракту. Порядок ведения учета должен закрепляться в учетной политике предприятия.
Аналитический учет расходов осуществляется по статьям затрат в регистрах бухучета. Фактические затраты распределяются в регистрах бухгалтерского учета, накладные расходы включаются в себестоимость пропорционально базе распределения по выбранному показателю. Накладные расходы распределяются пропорционально сроку исполнения контракта или сроку использования авансового платежа. Распределение накладных расходов на каждый договор оформляется справкой и Расчетом накладных расходов (рекомендуемая форма приведена в Приложении 1 к Приказу Минфина 334н от 30.12.2020).
Все сведения включаются в регистры учета на основании первичных документов, которые в обязательном порядке должны содержать идентификатор контракта.
Ведение раздельного учета результатов ФХД предусматривает составление Расходной декларации (Приложение № 2 к Приказу Минфина 334н от 30.12.2020). Плановые показатели указываются в соответствии с укрупненными кодами перечня направлений расходования средств из сведений об операциях с целевыми средствами, фактические – на основании фактических кассовых выплат по детализированным кодам перечня из платежных документов, показатели раздельного учета – на основании данных раздельного учета результатов ФХД.