После открытия лицевого счета и подключения к системе электронного обмена документами с казначейством можно приступать к расходованию денежных средств.
Поскольку средства на счете являются целевыми и исполнителю не принадлежат, использовать их по своему усмотрению нельзя. Деньги могут расходоваться только на определенные направления, указанные в Приложении № 3 к Приказу Министерства финансов Российской Федерации от 10.12.2019 N 220н. Перечень включает выплаты персоналу, накладные расходы, налоги, оплату фактически выполненных в ходе исполнения контракта работ, накладные расходы и другие статьи. Заключая контракт, стоит заранее сформировать структуру расходов, которые могут быть документально обоснованы, с учетом доли прибыли.
Операции по лицевому счету осуществляются после проверки казначейством установленного пакета документов. На каждом из них должен быть указан ИГК (идентификатор государственного контракта).

Для распоряжения средствами с казначейского счета необходимо подготовить:
- контракт или выписку по форме казначейства (если контракт содержит сведения о гостайне);
- сведения об операциях с целевыми средствами (код формы по ОКУД 0501213), документ должен быть утвержден заказчиком или исполнителем (при наличии разрешения заказчика);
- отчетные документы;
- платежное поручение.
Также могут потребоваться справка о распределении накладных расходов, выписка из регистров аналитического учета.
В некоторых случаях казначейство осуществляет иные проверки в процессе санкционировании расходов в соответствии с порядком казначейского сопровождения целевых средств.

На данном этапе контролирующий орган проверяет:
- первичные сведения (срок и объем поставки товаров/выполнения работ/оказания услуг по контракту);
- сведения о фактически поставленных товарах/оказанных услугах/выполненных работах согласно отчетным документам;
- раздельный учет затрат;
- структуру цены контракта;
- наличие в единой информационной системе отчетных документов.

После проведения проверок казначейство осуществляет санкционирование расходов, либо процедуру возврата платежного поручения при несоответствии документов-оснований установленным требованиям. В случае выявления нарушений порядка казначейского сопровождения одновременно с возвратом платежного поручения юридическому лицу направляется информация об указанных нарушениях.
Перечисление прибыли исполнителю возможно только после полного исполнения условий контракта и предоставления в казначейство итоговых закрывающих документов. При этом стоит помнить о соблюдении заявленной доли прибыли. Если остаток неиспользованных средств на счете превысит норму прибыли, деньги уйдут в бюджет.